Tien jaar na de tweede Men in Black-film zijn Will Smith en Tommy Lee Jones terug als Agent J en Agent K. Wanneer de buitenaardse schurk Boris terug in de tijd gaat en Agent K vermoordt, komt Agent J van het ene op het andere moment in een alternatieve werkelijkheid terecht waarin zijn collega al jaren dood is. Agent J beseft zich dat er maar één manier is om zijn goede vriend te redden: hij moet zelf terug in de tijd gaan, om Boris tegen te houden voordat hij Agent K te pakken krijgt.

Als J in 1969 is gearriveerd, komt hij er tot zijn stomme verbazing achter dat de jonge K een joviale goedgehumeurde jongeman is; Hoe is het mogelijk dat deze vlotte vent later zal uitgroeien tot zo’n norse teruggehouden kerel? Terug in de tijd zal Agent K de geheimen van zijn collega ontdekken.

Will Smith en Tommy Lee Jones krijgen in deze derde Men in Black gezelschap van Josh Brolin, die de jonge uitvoering van Agent K speelt. De manier waarop Brolin zich tot in details de trekjes van Jones heeft eigengemaakt zorgt voor een aantal van de grappigste scènes in de film. Ook nieuw zijn Emma Thompson en Alice Eve, die te zien zijn als respectievelijk de oudere en de jongere Agent O.

Verhalen waarbij in de tijd gereisd worden zitten vaak niet eenvoudig in elkaar, en dat was bij deze derde Men in Black niet anders. Het scenario moest zelfs uitgebreid herschreven worden voordat alle verhaallijnen uit 1969 en 2012 met elkaar klopten.